免疫学与微生物学系成立于2013年，由上海市免疫学研究所、原免疫学教研室和原病原生物学教研室合并建立，国家海外高层次人才、上海交通大学“王宽诚”讲席教授苏冰教授任系主任及学科带头人。

免疫学与微生物学系现有教职工107人，博导26人，硕导9人，在读研究生137人，博士后25人。根据学科发展定位，已吸引一批国内外优秀研究人才，组建了一支具有创新活力且兼具国际视野、结构合理的人才梯队。目前，系内共有课题组长23人（其中：国家自然科学基金杰出青年科学基金获得者2人，国家自然科学基金优秀青年科学基金获得者4人），研究方向覆盖肿瘤免疫、感染免疫、移植免疫、区域免疫、自身免疫、耐药细菌控制、病原基因组学、分子微生态学及微生物与宿主相互作用等。系内2个教学课程组（免疫学科课程组和病原学科课程组）承担了大量医学院本科与研究生的免疫学、微生物学理论和实验课教学任务。同时，与国际知名科研院所建立广泛交流合作，拥有顶尖的海外专家团队，协助培养具有国际化视野和学科前沿思维的青年科学家。

近年来，免疫学与微生物学系承担多项国家科技部973课题、863课题、国家自然科学基金重点项目等：2014-2022年新立项科研项目273项，其中国家级项目135项；发表SCI论文331篇，尤其近年多项研究成果发表在相关领域知名期刊杂志，如Nature、Cell、Nature Immunology、Cell Metabolism、Immunity、Molecular Cell、Nature Medicine、Nature Neuroscience、Nature Communications等。，如Nature、Cell、Nature Immunology、Cell Metabolism、Immunity、Molecular Cell、Nature Medicine、Nature Neuroscience、Nature Communications等。