局部治疗是将物质直接用于身体的患部。对于口腔溃疡的局部治疗包括

麻醉药

保护膜

皮质类固醇

用激光或化学物质进行烧灼

使用达克罗宁或利多卡因之类的麻醉剂漱口也可以缓解症状。由于这些麻醉剂会麻痹口腔和喉部造成吞咽困难，当儿童使用时应有成人监护以防止出现窒息。利多卡因进行增稠处理后可以直接涂抹于口疮上。使用这些冲洗液的人应仅使用推荐剂量，以避免毒性作用。

当使用含有硫糖铝和铝-镁抗酸剂的保护涂料作为冲洗液使用时可以缓解症状。许多医生会添加其他成分，例如利多卡因和/或苯海拉明（一种抗组胺剂）。有时也可以使用氨来呫诺糊剂。这些涂层可能有助于缓解不适，但不能治疗溃疡的病因。应避免含有酒精（乙醇）的漱口液，因为此类漱口液可能会使口腔溃疡加重。

一旦医生确定溃疡不是由感染引起的，他们可能会处方一种皮质类固醇冲洗液或皮质类固醇凝胶，将其用于每一个患处。

一些口腔溃疡可以使用低功率激光进行治疗，它可立即缓解疼痛并可防止溃疡的复发。使用硝化银烧灼也可以减缓疼痛，但是效果不如激光。