技术优势
蛋白种类多：CITE-seq可以一次检测100个以上的表面蛋白，可以与商业平台无缝衔接；抗体数不受限制，数量远超流式分选更清晰的鉴别细胞类型，可以注释到罕见细胞类型，发现新细胞亚群结合cell Hashing标签技术，可以有效改善dropout问题mRNA+蛋白：实现同一个细胞多组学联合检测，同时提供了mRNA和细胞表面蛋白的信息，信息量比传统的RNA单细胞测序更丰富针对CITE-seq，10×Genomics提供的成熟的ADTs耦连标签体系以及详细的流程；采用Feature Barcode技术，可以有效进行免疫细胞的转录组和表面蛋白的研究，同时其对应的兼容产品（寡核苷酸偶联抗体、寡核苷酸偶联MHC）也可开展单细胞多组学分析。
10×Genomics产品Feture Barcode单细胞免疫组学介绍：Feature Barcode技术可以在单细胞分辨率上测定多达数百个细胞表面蛋白；既可以通过转录组信息研究细胞类型和状态，也可通过感兴趣的靶向表面蛋白对关注细胞类型进行重点研究，可以实现稀有细胞群体和稀有细胞状态的鉴定。
10×Genomics的Feture Barcode单细胞免疫组学的商业化流程：从未标记细胞、寡核苷酸偶联的抗体标记细胞，或与寡核苷酸偶联MHC结合细胞的单细胞悬液开始。在生成GEM后，每个样本最多可构建三个独立文库，从而生成多个可关联到同一单细胞的读数。通过Cell Ranger处理数据，再通过Loupe Browser或Loupe V(D)J Browser观察样本异质性和克隆扩增。
结果示例：针对复杂癌症中的多个免疫细胞群体，CITE-seq多组学数据提供了转录本与表面蛋白抗原互补的信息；利用抗体寡聚体标签ADTs，即16个标志物的组合进行聚类，细胞表面蛋白表达的分析能够将T细胞进一步划分为初始、记忆和耗竭的亚群。
通过单细胞技术进行的免疫细胞表型分析，可以对临床医学细胞层级的免疫机制和致病机制有更深入的理解，这些信息可以为后续针对具有治疗潜力的免疫因素，为当前的临床治疗提供有效的治疗方案。耦合的单细胞测序数据可以更精细的进行免疫细胞的分型；单细胞转录组测序和单细胞表面蛋白测序的联合应用，可以更有效地识别致病机理。
1. 肝脏单细胞研究
研究团队结合单细胞CITE-seq等技术，绘制人类和小鼠肝脏单细胞空间蛋白质基因组图谱，分析脂质相关巨噬细胞群体；为了研究单细胞分辨率下的mRNA和蛋白质表达，对18个样品进行CITE-seq及数据分析，利用单细胞转录组数据和单细胞表面蛋白数据，有效确定了17种细胞类型，同时CITE-seq的抗体识别体系ADT可以有效捕获Kupffer细胞，并结合细胞群体分析，鉴定出VSIG4蛋白是CITE-seq数据中人类Kupffer细胞的最佳标记物。
2. 肺部癌症单细胞研究
该研究通过scRNA-seq和CITE-seq分析了目前最大的非小细胞肺癌（NSCLC）队列，展示了不同患者免疫反应的共性因素，确定了瘤突变负荷和TP53突变的独立免疫修饰效应，进而构建服务于免疫治疗反应的精细模型。通过scRNA-seq和CITE-seq分析了肿瘤微环境中转录状态的多样性。
通过对T细胞的CITE-seq数据研究发现，CD8+T细胞具有自然杀伤细胞（NK）的特征，区分出了正常组织和癌症组织的T细胞亚群，癌症组织的T细胞亚群种类