司法鉴定科学研究院创建于1951年，前身是1932年成立的司法行政部法医研究所。新中国成立后，曾分别隶属于华东军政委员会司法部、最高人民法院华东分院、司法部、公安部，1960年因故撤销。1983年经国家科委批准正式复建司法部司法鉴定科学技术研究所。2017年10月14日，经中央机构编制委员会办公室批准更名为司法鉴定科学研究院，是司法部直属的司局级科研事业单位。

司法鉴定科学研究院执行中央编办、司法部赋予的承担“司法鉴定领域的基础研究、应用研究和高新技术研究；全国重大疑难案件的司法鉴定和技术指导；司法鉴定高端人才的培养培训；国内外学术交流等工作”职能。目前有职工224人，其中党员106人，专业技术人员占78%，高级专业技术人员占专业技术人员总数的60%。享受国务院特殊津贴10人。仪器装备已达到国际先进水平。

研究院设有法医病理学、法医临床学、法医精神病学、法医物证学、法医毒物化学、微量物证学、文件鉴定学、声像鉴定学、痕迹鉴定学、电子数据鉴定、道路交通事故技术鉴定、环境损害司法鉴定、司法鉴定制度与法规等专业。办有中文核心期刊《中国司法鉴定》和《法医学杂志》，英文期刊Forensic Sciences Research。

科学研究是研究院的基础工作。长期承担国家科技部、国家自然科学基金委、司法部和上海市科委的重点科技攻关项目，牵头主持了“十二五”国家科技支撑计划项目、“十三五”和“十四五”国家重点研发计划，在系统毒物分析、毛发中毒药物鉴定、有毒动植物鉴定、死亡原因鉴定、伤病关系鉴定、道路交通事故综合鉴定、男性性功能鉴定、听觉视觉功能鉴定、复杂亲缘关系鉴定、文件材料鉴定、声纹鉴定、法医精神病鉴定、司法鉴定管理制度研究等方面处于国内领先地位，某些领域已达国际先进水平。2009年被确立为“上海市法医学重点实验室”。2010年获批设立博士后科研工作站。2022年被确立为“司法部司法鉴定重点实验室”。

司法鉴定是研究院的主要职能工作。作为司法鉴定的“国家队”，主要承担全国各地公、检、法等机构送检的重大、疑难、复杂、敏感、涉外案件的司法鉴定。同时接受企事业单位、社会团体和个人的委托，对交通事故、民事纠纷、仲裁等活动中所涉及的专门性问题进行技术检验和技术鉴定。现年承担刑事、民事和行政等各类案件的司法鉴定近3万例，在维护国家安全、公民合法权益以及纠正冤假错案、化解纠纷冲突、维护社会稳定和保障司法公正等方面发挥了重要作用。2009年获“全国司法鉴定先进集体”称号。2010年被遴选为“国家级司法鉴定机构”。

教育培训是研究院的基本任务。作为全国司法鉴定人继续教育基地与复旦大学、苏州大学、华东政法大学、南方医科大学、四川大学、温州医科大学、中国刑事警察学院、上海工程技术大学、南京医科大学、山西医科大学、内蒙古民族大学、中国药科大学、上海政法学院、上海公安学院联合培养司法鉴定本科、硕士、博士研究生，促进了我国司法鉴定行业的队伍建设和人才储备。

技术指导是研究院的重要职能。作为行业主管部门依托的技术平台，承担司法鉴定领域国家标准和行业技术规范的研制，积极推进司法鉴定技术创新和标准体系建设。自2005年以来，经国家认可委和司法部授权，组织开展年度司法鉴定行业能力验证活动，实施鉴定质量评估，为政府监管提供技术支持，推进鉴定机构的规范化发展。2018年获批国家级服务业标准化示范项目。2019年，研究院牵头研制的11项司法鉴定国家标准正式颁布。2020年荣获2020年度中国标准创新贡献奖组织奖。

研究院按照《检验检测机构资质认定能力评价 检验检测机构通用要求RB/T214-2017》《检验检测机构资质认定能力评价 司法鉴定机构要求RB/T219-2017》以及《司法鉴定/法庭科学机构认可指南CNAS-CL08:2013》建立了司法鉴定管理体系。按照CNAS-CL03:2010《能力验证提供者认可准则》（ISO/IEC17043:2010）建立了能力验证管理体系。在“以科学捍卫公正”核心价值理念引领下，分别确立了“严谨求是、科学规范、独立客观、准确公正”和“严谨求是、科学规范、客观公正、专业高效”的质量方针，确保以公正的行为、规范的程序、科学的方法、正确的结论，为司法实践和行业发展服务。研究院是我国首家通过实验室认可、检查机构认可、能力验证提供者认可以及国家级实验室/检查机构资质认定“五合一”评审的司法鉴定机构，在我国司法鉴定事业中发挥了重要的示范、引领和推动作用。

研究院也是我国司法鉴定领域对外交流与合作的重要平台。根据对应对等原则，多次受命代表中国司法鉴定行业出访美国、英国、荷兰、俄罗斯、乌兹别克斯坦、澳大利亚、德国、南非、韩国、瑞士、比利时、日本等国以及港、澳、台地区，并与上述国家（地区）的司法鉴定官方机构建立了合作关系。创办了两年一届的“司法鉴定理论与实践研讨会”。