教育部2012年全国一级学科评估采用“客观评价与主观评价相结合、以客观评价为主”的指标体系，包括“师资队伍与资源”、“科学研究水平”、“人才培养质量”和“学科声誉”四个一级指标，指标权重全部由参与学科声誉调查的专家（第三轮评估约 5000 名）确定。第三轮评估根据“高等教育质量 30 条”和“研究生教育综合改革”等有关精神，广泛征求各方意见，指标设置突出“质量、成效、特色”，在各方普遍关注的“学生评价、论文评价、科研评价、特色评价”等方面进行改革创新，倡导新的“学科评价质量文化”。

1. 强调质量，淡化规模，树立学科评价的正确导向为全面贯彻落实以质量为核心的精神，引导参评单位树立注重质量的良好氛围，本轮评估全面改革位次性评估的一般做法，采用多项代表性指标代替总量指标，同时对规模指标设置数量上限，克服单纯追求规模的倾向，在“比总量”和“比人均”之间找到“比质量”这个平衡点。

2. 创新学生质量评价模式，开创学生质量评价的新视角改革人才评价方式，强调学生为本，注重在学培养质量与毕业后发展质量相结合的评价理念。引入用人单位对“学生毕业后质量跟踪评价”；新增学生派出留学、交流指标，鼓励对学生培养的投入；首次引入全国博士学位论文抽检情况指标，促进博士学位论文质量全面提高。

3. 创新学术论文评价模式，营造学术论文评价的良好氛围以“SCI 论文数”单一指标评价学术论文的做法早已饱受诟病。本轮评估首次采用“定量与定性、质量与数量、国内与国外”相结合的“多维度学术论文评价”方法。如将论文“他引次数”及“ESI 高被引论文数”与最新发表的高水平期刊论文同时纳入评价指标等，创立了学术论文评价的新质量文化。

4. 改革科研成果评价模式，强调学科的社会服务能力强调专利成果的转化与应用，鼓励专利成果为社会经济建设服务。同时，在主观评价部分增加了社会服务和学术道德等内涵，邀请大量行业和企业人士及所有参评单位本学科专家对学科的社会声誉进行全面评价，形成了“崇尚创新、重视质量、社会参与”的科研评价新模式。

5. 分类设置指标体系，突出学科特色，强化分类指导进一步分门类、分学科设置指标体系，对特色一级学科设置特色指标，克服评估趋同导向。如对艺术类、建筑类、体育、工商管理等学科，设置“艺术创作水平”、“建筑设计水平”、“学生体育比赛获奖”、“优秀案例”等特色指标，鼓励不同学科办出特色。