以港科大过去三十年内在科研及科技创新上所取得的丰硕成果为基础，港科大(广州)将采用一套独特的枢纽架构模式，结合更全面立体及多元融合的教学方法，以促进融合学科教育、科研及知识转移的发展。在风景秀丽的清水湾校园，港科大的四大学院（理学院、工学院、工商管理学院、人文社会科学学院）在学术及科研上一直表现出色，各学院依照定位清晰且界线明确的学科领域开设多个学系，有利于培育杰出的专科人才。为促进四大学院之间的交流合作，港科大于2008年成立跨学科课程事务处(IPO)，并于2023年7月更名为跨学科学院(AIS)，给各学院和学系提供一个不设学科界限的灵活平台，鼓励并支持校内教职员加强与业界的各类合作，共同开展新兴领域的跨学科教学和科研工作。在应对香港、粤港澳大湾区、东亚以至世界各地的政策挑战，例如可持续发展政策的议题上，跨学科学院亦为港科大发挥出重要作用。港科大还建立了五个跨学科综合领域作为研究重点，包括数据科学、可持续发展、自动系统及机器人、公共政策，和设计思维及创业。

秉承清水湾校园积极推进融合学科学术合作的精神，港科大(广州)将进一步提升跨学科平台的发展。以港科大各学院和跨学科学院为基础，港科大(广州)将组建四个连接多个学科的枢纽，每个枢纽均有多个以新兴领域为研究方向和重点的学域。功能枢纽、信息枢纽、系统枢纽和社会枢纽，这四个非传统的枢纽及其学域，将致力于打破学科间的壁垒及界限，积极促进不同学科之间的互动以发挥协同效应，创造超越专科的新型综合知识。

为确保学生的研究课题能体现融合学科的思维模式，每位研究生将由至少两位来自不同专业领域的导师共同指导。在广州校园的师资力量准备就绪后，其中一位导师将必须是港科大(广州)的老师，另一位导师既可来自港科大(广州)的另一学域，也可来自港科大清水湾校园或校外机构。

在四个枢纽中，功能枢纽和信息枢纽环环相扣，成为系统枢纽的基础，从而为社会枢纽提供支持，所有枢纽互联互通，最终为社会带来影响和改变。来自社会的反馈和需求通过社会枢纽回到系统枢纽，进而传达至功能枢纽和信息枢纽，这样形成一个持续改进、不断完善的循环。四大枢纽与清水湾校园现有的四大学术优势相辅相成，以迅速应对社会不断变化的新挑战和现实需求，在学术以外的领域给社会带来积极影响。