本学科创建于1958年，其下所述三个二级学科：计算机软件与理论、计算机系统结构与计算机应用技术专业，它们分别于1976、1979和1986年获硕士学位授予权。1985年被国务院学位委员会特批授予计算机软件博士点，1998年获计算机应用博士点、一级学科博士后流动站，2000年获一级学科博士授予权，2002年计算机软件与理论学科被批准为国家重点学科。目前有教授25人，副教授及高级工程师36人（其中从海外学成回国的正副教授10名），教师中具有博士学位的30位，其中总理基金获得者有3人。本学科与国内外许多著名高校和企业保持着密切的合作与交流，与包括微软亚洲研究院在内的著名研究机构建立了联合实验室。拥有一系列先进的研究和开发设施及研究平台。
一、培养目标
为计算机科学与技术领域培养基础扎实、素质全面、工程实践能力强，并具备一定创新能力的应用型、复合型高层次工程技术和工程管理人才。学位获得者应掌握计算机科学与技术领域坚实的基础理论和宽广的专业知识，并具有较强的计算机和英语应用能力，掌握解决工程问题的先进技术方法和现代技术手段，具有创新意识和独立承担工程技术和工程管理工作的能力，具有良好的职业道德，热爱祖国，积极为我国社会主义现代化建设服务。
二、主要研究方向
计算机科学与技术领域构建了现代信息社会的基础，涉及计算机科学与技术一级学科以及计算机系统结构、计算机软件和理论和计算机应用技术三个二级学科。主要研究方向有： 1. 计算机科学理论 2. 智能信息处理 3. 密码学与信息安全 4. 网络与网络计算 5. 计算机应用
三、学制和学分
全日制工程硕士研究生学制为2.5年，总学分≥30，其中学位课学分≥19。
四、课程设置
课程类别课程代码课程名称学分开课时间备注学位课G071552应用近世代数3.0春公共数学课学位课G071555矩阵理论3.0秋公共数学课学位课G071557图与网络2.0春公共数学课学位课G071559最优化理论基础3.0秋公共数学课学位课G071564应用随机过程3.0秋公共数学课学位课G090512自然辩证法概论1.0春，秋必修学位课G140501英语3.0春，秋必修学位课G230001中国特色社会主义理论和实践研究2.0春，秋必修学位课X033499专业英语1.0春、秋必修学位课X033503高级计算机系统结构3.0秋网络与网络计算（四选三）、英语授课学位课X033505应用逻辑3.0秋专业数学课学位课X033506计算理论3.0春专业数学课、计算机科学理论（四选三）学位课X033514计算机图形学3.0春英语授课、计算机应用（七选三）学位课X033517计算机网络3.0秋网络与网络计算（四选三）、英语授课学位课X033518程序语言理论3.0春专业数学课、计算机科学理论（四选三）学位课X033521分布式计算3.0春 学位课X033522高级数据库技术3.0秋计算机应用（七选三）学位课X033524统计学习与推理3.0秋智能信息处理（四选三）学位课X033525机器学习3.0秋智能信息处理、计算机应用、英语授课学位课X033526生物信息学3.0春计算机应用（七选三）、英语授课学位课X033528基础代数3.0秋专业数学课学位课X033529应用代数2.0春英语授课学位课X033530密码算法与协议3.0春密码学与信息安全（四选三）学位课X033531密码工程2.0秋英语授课、密码学信息安全（四选三）学位课X033532信息论与编码3.0秋英语授课、密码学与信息安全（四选三）学位课X033533算法分析与理论3.0春专业数学课、网络选修、科学理论应用选修学位课X033534并行理论3.0秋专业数学课、计算机科学理论（四选三）学位课X033536应用代数3.0春英语授课学位课X033537并行计算与并行算法2.0春网络与网络计算（四选三）、英语授课非学位课F033563软计算3.0秋 非学位课F033565程序设计语言3.0秋 非学位课F033567网络计算3.0秋英语授课非学位课F033569自然语言理解3.0春智能信息处理（四选三）非学位课F033570计算语言学3.0秋 非学位课F033572数字图像处理3.0秋计算机应用（七选三）、英语授课非学位课F033573科学计算可视化3.0秋 非学位课F033574神经网络理论与应用3.0春 非学位课F033576IT项目管理3.0秋 非学位课F033581网络安全基础3.0春 非学位课F033583互联网信息搜索与挖掘2.0秋英语授课非学位课F033584计算数论2.0秋密码学与信息安全（四选三）非学位课F033585无线通信和传感器网络2.0秋英语授课非学位课F033588计算机动画设计与渲染3.0秋英语授课非学位课S033501学术报告会2.0春秋必修非学位课X032503计算机模式识别3.0春智能信息处理（四选三）
五、中期考核
硕士研究生在第三学期内需进行一次全面考核，检查课程学习的学分和级点是否满足要求，决定是否可进入学位论文阶段。具体按研究生院有关规定执行。
六、开题报告
在第三学期结束前需完成论文开题报告。论文开题需由包括导师在内的不少于３位教师参加，经考评小组同意后方可开题并进行后续工作。开题的文献阅读量应不少于20篇（其中外文文献应不少于5篇）。
七、学位论文
学位论文应该强调应用性，选题应该来自于生产实际第一线，建立"双导师"制的培养机制。 学位论文的要求按照专业学位研究生有关学位论文条款执行。论文答辩按《上海交通大学研究生学位论文及学位申请工作细则》执行。
八、发表论文
按《上海交通大学关于专业学位研究生在学期间发表学术论文要求的规定》执行。