上海交通大学医学院耳科学研究所成立于2008年10月，2014年经上海市科委批准建设上海市耳鼻疾病转化医学重点实验室并于2017年以优异成绩通过验收。研究所依托上海交通大学医学院附属第九人民医院，汇聚了一批耳科与听觉医学领域优秀科学家和中青年人才，现有博士生导师8名、硕士生导师7名，兼聘教授3名。

研究所聚焦于耳科与听觉医学的基础和转化研究，相继建立了听觉电生理、听觉超微结构、生物样本库、生物成像、基因测序、电镜、质谱等研究平台。

主要成果包括：①建立针对先天性耳聋的新生儿听力筛查技术及策略，发现我国迟发性耳聋重要基因筛查靶点，大幅度提高先天性耳聋的康复效果，为我国基本消灭聋哑做出重要贡献，相关成果获2006年国家科技进步二等奖和2019年教育部科技进步一等奖等；②在建立国际一流耳神经外科技术体系的基础上，致力于听神经瘤发生发展机制、分子分型、听觉保存和重建的深入研究，有效提高了听神经瘤的治疗效果，相关成果获2018年国家科技进步二等奖和2016年上海市科技进步一等奖；③系统开展感音神经性听觉损伤机制和修复的研究，为耳聋预防和靶向干预提供理论依据。