曹洞佛学院下设办公室、教务处、训导处、图书馆、培训部等部门，学院管理制度完善。学院占地面积2000亩，总建筑面积约合99700平方米。拥有两个演教大厅，曹山大讲堂、般若大讲堂，20余间教室，以及藏经楼图书馆，大殿、法堂、禅堂、阅览室等教学实践场所。

为加强人才队伍建设，推进佛教中国化，促进佛教更好顺应社会、服务社会、履行社会责任，2020年起，曹洞佛学院与北京大学、北京大学文化传承与创新研究院（抚州）合作，开设“北大曹山讲堂”，由北京大学教授、中国文化书院院长王守常教授及曹洞佛学院院长养立法师牵头组织并邀请国内外各界最顶尖的专家、学者、教授来我院讲座交流。课程精彩多样，内容广泛，涉及中西方文化，儒、释、道思想、中西方艺术、考古、传媒与电影艺术讲座例如《中国智慧》、《大乘气象——宗教与文化关系面面观》、《设计中的视觉审美》专题讲座等等。有效地践行了马克思主义基本原理同中国具体实际相结合、同中华优秀传统文化相结合。2023年上半年，中央统战部韩松局长莅临曹洞佛学院考察，指出“曹洞佛学院是‘抚州经验，曹山样板’，是习总书记提出的‘两个结合’的典型。”