1965年，植保室建制撤销，人员分流到作物室和蔬菜室。
1972年3月，原北京市农科所各单位的植保人员与中国农科院“两所一室”到北京市的植保人员，再次组建成立植保室。全室共有科技人员30人，设8个课题组。。
1973年，植保室下新设大田组、果树蔬菜组和农药组。
根据北京市农林科学院规划会议，植保室研究方向由以“粮棉植保”为主调整为“蔬菜植保为重点，兼顾果树粮棉植保”。
1975年1月28日，北京市农业科学院建制恢复。下设作物、蔬菜、林业、畜牧兽医4个研究所和新技术、植保、气象、环保4个研究室。
1978年5月，植保室中的原中国农科院“两所一室”人员回到中国农业科学院。
1978年6月，植保室改建制为植保所，下设病害、虫害和农药3个研究室。
1978年6月，环保室和气象室合并成立农业环保气象研究所。
1979年6月，植保所新成立了发酵车间筹备组，全所共14个课题组，65人。
1979年，农业环保气象研究所成立了环保一室、环保二室、气象室和环保监测站，54人。
1981年10月，植保所成立了食用菌课题组。
1983年5月，农业环保气象所下属气象室的全体人员并入我院综合研究所，其余人员组成了农业环境保护研究所，全所共41人，此后直至1984年9月与植保所合并。
院党委及院长联席会议决定：植保所和环保所合并为植保环保研究所，在编人员共115人。
2008年2月，我所进行了学科调整，确定4个学科领域为重点方向，设置了6个研究室：植物病害综合防治研究室、虫害综防研究室、生防微生物研究室、食用菌研究室、天敌昆虫研究室、农药与农田环境研究室。
2015年10月，信息所养蜂研究室调整到植保环保所。
植保环保所新成立林业有害生物研究室
2016年7月，养蜂研究室与天敌昆虫研究室合并，组建为应用昆虫研究室。