万历朝鲜战争对当时东亚的政治军事格局有着影响。由于此役，朝鲜从亡国到复国，付出了沉重代价。日本丰臣秀吉集团的势力元气大伤，为其不久后的垮台埋下伏笔，日本随即进入德川幕府时代。因此，从长远来看，万历朝鲜之役实际上起到了重新整合东亚各国政治军事力量的作用。

明朝由于辽镇精锐遭到损失，短期内无力进剿后金力量，只能坐视努尔哈赤日益强大，最后对明朝形成了致命的威胁。朝鲜惨遭连年兵祸，遭受重大损失，国势一蹶不振。日本丰臣集团在这场战争中也元气大伤，丰臣集团遭到削弱，在后来的关原之战中不敌德川家康，最终为其所灭，日本从此进入德川幕府时代。但值得注意的是，丰臣秀吉的大陆征服计划失败后，日本国内不少人不断鼓吹其计划，致使日本对外扩张思想在此后300多年间日益猖獗。

对明朝

7年的战争明朝方面虽胜，但却带来了严重的后果：削弱了辽镇的军事实力。此战后辽镇的战斗力开始下降精锐损失殆尽。短时间无法恢复据户科都给事中李应策统计，辽东原有兵额95000，至万历二十八年（1600）只有40000，也就是说减少了60%；壬辰战争后，辽东兵力之不足、防御之单薄可见一斑。这恰恰成为一些有野心的少数民族首领提供了扩展势力的良机，蛰伏已久的插汉部蒙古开始猖獗扰明朝边境和建州女真努尔哈赤建立后金便是明证。

根据1569年兵部侍郎谭纶的记载，明朝全国军队定额为313万8300人，而实际上仅有84万5000人。推测北边服役的军士为50万人，马匹10万匹，这些数据是根据黄仁宇所著《16世纪明代中国之财政与税收》中引述大明会典与皇明经世文篇所推估的。就支出的经费方面，对于明朝也是一个巨大的负担，明朝税收有一个特性是税率极低，据统计税率在5.5%~12%之间，所以一般正常情况下，政府税收是无法支应突发状况，而援助朝鲜的支出在实质上是由太仓库支应的，太仓库在1592年时有700万两，每年流入是约当209万2000两，以军费而言，一年支出平均是240万两左右，也就是援助朝鲜的支出造成了太仓库的赤字，再考虑到万历三大征发生的年代几乎都接近，这也就是为何在万历过世后，根本上太仓库是已经完全匮乏的原因，也造成财政的紊乱。

对朝鲜

朝鲜在战争里被日军侵略，使得人民流离失所，在战争期间，大量人口死亡或被日本军队掳掠。首都汉城的户数从战前的8-9万户减到战末3-4万户。战后全国户籍人口只有战前的六分之一，数十万人口被日本掠夺。战后百业萧条，农业产量更大减，使得朝鲜社会处于崩溃边缘。在战争之后，朝鲜断绝了与日本的邦交，直到1604年时朝鲜高僧惟政访日，此为与日本和解的破冰之旅。至1609年，朝日签订《己酉约条》，宣告正式结束战争状态。

对日本

日本的丰臣家侵朝失败，使其嫡系部队受到损失。此事遭到五大老之一德川家康的利用，于1600年展开关原之战，反德川联合军与丰臣文治派的联军（史称西军）同德川军与丰臣武功派的联军（史称东军）间的战争，丰臣秀吉之子丰臣秀赖虽然尚年幼，其母淀夫人实际掌权，在东、西两军中保持中立。但此战之以德川家康的大获全胜而结束，故使丰臣家的威信大不如前。1603年，德川家康任征夷大将军，开创江户幕府。1615年大坂夏之阵德川家康彻底歼灭丰臣家。

这场战争中，日本掳掠了朝鲜大量的学者、知识分子、陶工、手工业者、技术工人到日本。这些朝鲜被掳人对战后 日本社会的发展产生了重要影响，如朝鲜陶工李参平就是日本著名陶瓷品牌有田烧的陶祖。