对于准备发表第一篇期刊论文的作者来讲，通常建议从方法部分开始撰写论文，即开列所有已经完成的工作步骤，然后从这部分展开论文。虽然这通常是一种非常实用的撰写初稿的方法，但是如果作者没有清晰的提纲和主线，仍然很容易把论文的各个部分写得在逻辑上没有关联。

由于方法部分构成论文展开的基础，无论何时撰写这部分，都需要把它写得能够引导读者从头到尾阅读论文，而且在产生疑问时能够很快找到答案。在方法部分缺失细节描述或含有混淆矛盾的内容，可能会导致论文很快被拒稿，或者导致在作者与审稿人之间发生不必要的反复来回澄清。