南方医科大学生物医学工程学院的前身是成立于1986年的解放军第一军医大学生物医学工程系，经过二十多年的发展，已成为该校四个特色学科群之一。

学院现开设有生物医学工程（医学影像工程）、生物医学工程（医学信息工程）、生物医学工程（医学仪器检测方向）生物医学工程（医学物理方向）、电子信息工程和计算机科学与技术等6个专业（方向）。有2个硕士学位授权点、1个一级学科博士学位授权点和1个博士后科研流动站，培养博士、硕士、本科和专科四个层次的学生累计超过2000名，现在校生1350多名。