截至2022年5月，研究生院提供十一个研究型和二十个授课型的研究生专业，包括硕士和博士专业。专业列表如下：
研究型研究生专业
1
计算机与信息工程硕士-博士专业
2
生物科学哲学硕士-博士专业
3
材料科学与工程硕士-博士专业
4
经济学哲学硕士-博士专业
5
金融学哲学硕士-博士专业
6
数据科学哲学硕士-博士专业
7
全球研究哲学硕士-博士专业
8
数学哲学硕士-博士专业
9
能源科学与工程硕士-博士专业
10
应用心理学哲学硕士-博士专业
11
翻译哲学硕士-博士专业
授课型研究生专业
1
全球研究文学硕士专业
2
同声传译文学硕士专业
3
翻译（笔译/口译）文学硕士专业
4
应用心理学理学硕士专业
5
会计学理学硕士专业
6
管理学理学硕士专业（在职中文班）
7
经济学理学硕士专业
8
金融学理学硕士专业
9
金融学理学硕士专业（兼读制）
10
市场学理学硕士专业
11
供应链与物流管理高级管理人员理学硕士专业（在职中文班）
12
数据科学理学硕士专业
13
金融工程理学硕士专业
14
信息管理与商业分析理学硕士专业
15
金融EMBA（在职中文班）
16
生物信息学理学硕士专业
17
通信工程理学硕士专业
18
城市学社会学硕士专业
19
公共政策文学硕士专业
20
音乐表演文学硕士专业
与大部分内地高校硕士研究生招录方式不同，香港中文大学（深圳）与国际接轨，采取研究生入学申请制度。学校通过申请者提交的材料对申请者的学业水平、语言能力、专业兴趣、实践经验等进行全面考察，择优录取。
学校对本校本科生有相应的推免政策，具体要点如下：
香港中文大学（深圳）各学院每年有20%的应届毕业生可获得推荐免试攻读本校研究生的资格；所有获得推免资格的同学可同时申请三个研究生项目，将免去所申请研究生项目的初试环节，直接进入复试。
满足以下条件的学生将有机会申请推免：
（一）将于下一年夏季之前毕业的四年级本科生；
（二）诚实守信，学风端正，品行优良，无违反法律法规和校规校纪记录；
（三）学习成绩优异，本科前3学年平均绩点排名在本专业前30%，CGPA不低于3.0；
（四）在符合大学总体学术水平要求之外，同时符合所申请研究生项目之要求者；
（五）有特殊学术专长或具有突出培养潜质者，经三名以上本校专业教授联名推荐，可不受上述学习成绩要求限制，但学生有关材料和教授推荐信要进行公示。
本硕博贯通式（直博班）培养计划
为培养具有技术基础和相关专业知识的创新型人才，以及具有高度社会责任感和科学热忱的专才，进一步推动本科人才培养模式改革，积极探索拔尖创新人才培养计划，香港中文大学（深圳）理工学院、数据科学学院、医学院自2022-23学年起将实施本硕博贯通式培养，开设直博班。
（一）申请条件：
若考生满足以下任一条件且被我校理科试验班录取，在入学后选择理工学院、数据科学学院、医学院，即可参与所属学院的直博班培养计划，并与学院签订直博班培养计划协议。
1.获得全国中学生奥林匹克（数学、物理、化学、生物、信息学）竞赛全国金、银、铜牌且经全国青少年科技竞赛获奖名单公示（http://gs.cyscc.org）；
2.获得大学颁发的半免学费奖学金、全免学费奖学金、全额奖学金、诺贝尔班奖学金等四类新生入学奖学金。
有意向的考生可向各省市（自治区）招生组提出申请，如符合以上条件，即可签订直博班意向书。
（二）培养模式：
直博班注重培养学生对专业基础理论知识的掌握，同时侧重培养学生的科研实践能力。为激发学生科研兴趣、促进科研热情，直博班实行导师制和学分制相结合的培养模式。
1.学分制：大学前三年侧重基础课程和专业基本课程的教学。学有余力的学生可从大学三年级开始攻读其所在学院之研究生课程，所修读课程学分可计入研究生学习阶段的学分。
2.导师制：直博班实行一对一的导师制培养模式，学生可在大三上学期通过双向选择确定自己博士攻读阶段的科研导师，在大三阶段提前正式进入课题组，开展研究生阶段的科研工作和课程学习。
学术活动安排：直博班学生自大学二年级起可以注册独立学习或研究课程。除此之外，亦可定期开展研习活动，以小组为单位展开讨论，促进学生间互动学习，形成良性学术交流氛围。
各学院培养计划详情请点击