学院设有计算机科学与技术系、软件工程系、信息与通信工程系、计算机基础教学部、水利大数据研究所、领域软件应用技术研究所、云计算与软件新技术研究所、分布式计算与系统研究所、无线通信与智能系统研究所、遥测系统与通信网络研究所、多维信号处理与感知系统研究所、信息认知与智能系统研究所、探测与信息融合研究所、计算机与信息实验中心。