一、总体情况
沈阳药科大学天然药物化学学科是药学一级学科下设的二级学科，也是我校传统优势学科之一。1955年以著名天然药物化学家朱廷儒教授为首进行学科重组，浙江医科大学药学系、山东医科大学药学系的天然药物化学骨干教师合并至我校组建了天然药化教研室。学科1956年即开始招收研究生，是我国第一批硕士点（1981年）和第二批博士点（1984年）授权单位，设有博士后流动站（1991年）。在2001年国家重点学科评审中，所属的药物化学学科全国排名第4（前三名均为国家重点学科），并连续多年被评为省级重点学科，现为省级一流学科，也是冲击国家一流学科的主干学科。
历经多年建设，学科科研方向凝练为五个，包括：①创新药物先导化合物的发现与优化：方向特色在于基于教育部靶点药物设计重点实验室，结合计算机辅助药物设计等国际前沿技术，应用体内外活性筛选、药效评价技术，对天然药物中发现的先导化合物进行结构优化，以发现候选化合物。②天然药物、中药（含中药复方）、民族药的药效及作用机制研究：依托已建立的系统的分离、分析、及药理学纯化技术平台，省级重点实验室、省级工程技术中心、国家中医药管理局重点实验室，以天然药物、中药、中药复方、民族药等为研究对象，形成了从成分入手，结合活性，分析组分、揭示机理的研究体系。 ③基于微生物基因修饰及生物合成途径的天然产物组合生物化学研究：立足天然产物内生真菌、土壤真菌、湿地环境微生物多样性，通过多微生物遗传信息DNA的改变，包括删除、添加、取代以及重组，进而定向合成目标组分，包括新型骨架化合物、活性更强的先导化合物。组合生物合成方向为新药设计提供了新合成技术。以与国内外专家合作，联合攻关为主要工作形式，重点推出创新合成技术、新品种、新药物。④海洋微生物、海洋深渊微生物以及特殊环境海洋微生物次级代谢产物及生物合成途径研究：从海洋微生物、海洋动植物、深渊等极端环境中的微生物中寻找和发现具有抗肿瘤、抗真菌、抗炎等作用的创新药物和创新药物的先导化合物，并通过对先导化合物的结构修饰、构效关系研究，发现具有治疗重要疾病的创新药物。⑤天然活性成分的生物转化研究：利用微生物进行广泛筛选，寻找对于某种活性化合物具有特异性转化作用的微生物，以期得到活性更强，结构更为新颖的创新药物或先导化合物，为合成及结构修饰提供了绿色转化技术。学科主干课程《天然药物化学》、《药学有机化合物波谱解析》分别于2005年、2008年被评为国家级、省级精品课程。2011年《天然药物化学》入选为国家精品资源共享课程，2019年入选国家一流线下课程。学科拥有省级教学团队（2009年）及省级教学名师。
二、学术队伍
本学科除拥有在职教师22人外，柔性人才引进政策引进高端人才3人（导师个人信息参见校园研究生网站专业导师介绍）。其中中国工程院院士1人，在职教授及特聘教授9人、副教授及特聘副教授12人。学科团队先后涌现国家中青年突出贡献专家1人，国家百千万人才“百人”层次1人、国务院特殊津贴获得者4人、中国药学会“施维雅”药物化学奖获得者5人；霍英东青年教师基金2人；吴阶平医学研究奖-保罗-杨森药学研究奖1人。辽宁省特聘教授4人，省百千万“百人”层次8人，兴辽英才3人、省级教学名师3人、省优秀教师4人。多人兼任《药学学报》、《中草药》、《沈阳药科大学学报》等中、英文学术性专业期刊编委，学科已经形成了一个以博士生导师为学科骨干，博士生、硕士生为主体，拥有职称结构、年龄结构、知识结构全面合理，具有雄厚技术潜能和可持续发展的创新学术梯队。
三、科研工作
医药产业的发展取决于具有自主知识产权的创新药物的研发，天然药物历来是创新药物研究的重要源泉。学科坚持以基础研究为先导，以应用研究为重点，为医药行业和区域经济、社会发展服务。学科先后承担了国家大型基础研究和应用研究任务，包括国家海洋“863“计划、国家“十五”、“十一五” 、“十二五”重大科技专项科技攻关项目、国家科技支撑计划、自然科学基金项目、省科技攻关项目、教育部科技项目等研究课题，已研究和开发出国家级新药及候选药物，目前已授权专利200余项。近５年获批各类经费累计总额达3000多万元，年均发表SCI论文100余篇。
四、实验室建设及条件
学科拥有教育部重点实验室1个（与药物化学学科联合）、中医药管理局三级实验室1个、省级重点实验室4个、市级重点实验室1个、国际合作实验室1个；拥有专业实验室平台1个；实验室面积3000余平方米，配备较先进的各类实验仪器、设备，固定资产总值5000余万元。
五、 人才培养
学科年均招收12-15名博士研究生、70-100名硕士研究生。培养研究生的目标定位为：立足国内、质量第一的方针，培养德、智、体、美、劳全面发展，具有国际视野、勇于创新，积极进取，为国家、地方及人类医药事业服务的高层次专门人才。研究生中，1人获得国家级优秀博士论文，4人获省优秀博士论文，百余人获得校优秀博士、硕士论文。
六、学术交流
学科团队积极与国内外科研院所合作，提高整体学术水平。通过国家公派留学、校校合作、团队交流等方式，先后与日本京都药科大学、近畿大学、明城大学、北海道药科大学、韩国釜山大学、韩国东亚大学等建立了良好的合作关系，每年派往欧美、日韩进行联合培养或进修的研究生、教师达10余人次。
天然药物化学学科是创新药物研究中最为基础和富有活力的学科， 在整个药物研究领域中处于重要地位。运用现代科学技术方法发展传统医药，开发新药，是实现我国医药与世界接轨的一项重要举措。学科也将通过不断自身建设和发展，努力开拓创性，扩大对外交流，打造成为国际知名、国内一流的学科。