经中国教育部批准，昆山杜克大学采用高考基础上的综合评价录取模式招收中国大陆本科学生。综合评价招生录取模式契合学校的定位、人才培养的目标、中外合作办学的初衷和中外融合创新探索的要求，符合国家高考综合改革的方向，也融入了杜克大学的经验，与中外合作大学模式相适应。

昆山杜克大学综合评价录取招生以541模式进行，即根据申请学生高考成绩（权重50%）、学校自主综合评估（权重40%，包括对申请材料的全面评估以及申请学生的“校园日活动”表现）、以及高中学业水平考试成绩（权重10%）计算所得的综合评定成绩择优录取。如果学生所在省/市/自治区没有全省/市/自治区统考的高中学业水平考试或学业水平考试所有科目均以合格/不合格呈现，则自主综合评估的权重以50%计算。