南昌大学现有国家“双一流”建设学科1个（江西省唯一），省一流建设学科6个，22个博士学位授权一级学科，3个博士专业学位授权类别；49个硕士学位授权一级学科，35个硕士专业学位授权类别，学科涵盖哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学、交叉学科等13个门类。15个学科进入ESI全球排名前1%，其中农业科学（以食品科学与工程为主）进入0.326‰，是江西省唯一进入1‰的学科。在全国第四轮学科评估中，食品科学与工程学科评估等级为A，位列全国第三位，在全国第五轮学科评估中，又获评顶级学科。