1 临床靶点或驱动基因相关体细胞变异注释及解读

基于NGS技术检测肿瘤体细胞变异的实验流程可概括为以下几个主要环节：样本采集及质量控制、DNA提取、文库制备、测序及基因组数据生成。而数据分析可进一步拆解为3个流程：变异识别（variant identification）、变异注释及过滤（variant annotation and prioritization）、变异的临床解读（interpretation of clinical significance）。其中, 变异识别、注释及过滤经由生物信息学工具实现; 而临床解读则需要基于严格的分级逻辑, 整合当前公共数据库及已发表文献的海量信息, 特别是变异-药物敏感性信息, 建立基因变异的临床解读知识库, 最终将与送检样本的对应癌种及检出的基因变异相匹配的临床意义（如药物敏感性信息）及其证据级别呈现在NGS报告中[3, 4, 5]。

目前有多个循证分级系统可用于指导基因体细胞变异的临床解读, 包括2017年美国分子病理学协会（Association for Molecular Pathology, AMP）/美国临床肿瘤学会（American Society of Clinical Oncology, ASCO）/美国病理学家协会（College of American Pathologists, CAP）联合制定的体细胞变异解读指南; 2018年欧洲肿瘤内科学会（European Society for Medical Oncology, ESMO）发布的分子靶点临床可操作性量表（ESMO Scale for Clinical Actionability of molecular Targets, ESCAT）; 以及纪念斯隆-凯特琳癌症中心（Memorial Sloan Kettering Cancer Center, MSKCC）的精准医疗肿瘤数据库（Precision Oncology Knowledge Base, OncoKB）证据等级规则。总体而言, 无论哪个分级系统都遵循一些共性原则, 包括循证、跨癌种处理等, 故其中并无优先推荐者。临床医生在阅读1份NGS报告时应先了解其变异解读依据的证据分级原则及其采用知识库的局限性, 以帮助自己更好的理解报告内容。

根据2017年AMP/ASCO/CAP联合制定的体细胞变异解读指南[6], 体细胞变异在不同癌种中对应的药物敏感性证据分为4个等级：A级, 美国食品药品监督管理局（Food and Drug Administration, FDA）批准或专业临床指南推荐; B级, 经具有足够统计学效能的临床研究证实、获得该领域专家共识; C级, 其他癌种中的A级证据（跨适应证用药）、或已作为临床试验的入组标准; D级, 临床病例报道或临床前证据支持。体细胞变异对特定肿瘤的诊断及预后价值, 亦给出相应分级：A级, 专业指南中定义的特定肿瘤的诊断/预后因子; B级, 经具有足够统计学效能的临床研究证实其诊断/预后价值; C级, 多项小型研究支持其诊断/预后价值; D级, 小型研究或个案报道提示其辅助诊断/预后价值（独立或联合其他标志物）。

基因变异按照其临床意义的重要性分为4类变异：Ⅰ 类变异, 有重要的临床意义, 具有A级或B级证据; Ⅱ 类变异, 有潜在的临床意义, 具有C级或D级证据; Ⅲ 类变异, 临床意义不明; Ⅳ 类变异, 无害或可能无害, 详见图1。

图1 AMP/ASCO/CAP指南：基于证据的体细胞突变分类

该体细胞变异解读指南在国内影响范围最广, 许多第三方NGS检测公司的临检报告即遵循该指南的分级原则对基因变异进行解读, 详见表1。

表1 NGS报告体细胞突变证据分级标准

ESCAT是由ESMO转化研究和精密医学工作组（Translational Research and Precision Medicine Working Group, TR and PM WG）发起建立的、基于临床靶标相关证据的基因变异临床分类系统[7], 于2018年发表, 将基因变异分为6个级别：Ⅰ 级, 可用于常规临床决策的靶点, 如乳腺癌的HER2扩增和非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer, NSCLC）的EGFR敏感突变, 其中Ⅰ -A级突变是基于前瞻性临床研究已有了显著生存获益的靶标突变类型; Ⅱ 级, 已有证据表明患者将受益于针对性靶向治疗, 但仍需