博士培养方案由公共课、学科学位课、选修课及必修环节组成。
公共课由政治、博士生英语组成。学科学位课可以是专门为本学科博士生开设的学科基础课，也可以是本学科学术型硕士生的重要学位课。选修课可以包含学科专门为博士生开设的选修课、前沿讲座，也可以包含全院开设的与学科有关的硕士生课程。必修环节包含综合考评，开题、中检、学术活动及社会实践。博士生在读期间至少选听五个学术讲座、参加一次博士生论坛、一次全国或国际学术会议。
硕士生培养体系充分体现科学性、前瞻性，重视创新性人才的培养，两类方案的侧重点和具体要求不同。学分和培养过程符合校本部统一规定，但课程设置上体现校区特色。强调通识人文和专业课程的有机结合，使学生在科学基础、人文素养、专业素质和能力等方面同步提升，全面发展。
学术研究型的课程由通识课、人文选修课、基础理论课、专业基础课、专业课、专题课、学术活动组成。应用研究型的课程由通识课、人文选修课、基础理论课、应用基础课、应用技术课、专业课、专题课和实践教学组成。应用研究型强调实践教学与创新能力培养。
通识课为必修课，由政治、英语组成。人文选修课除人文素养课程外，还有创业工程学，该课程由学院自行设置、具有深圳特色，旨在帮助学生为自行创业做准备。专业基础课、专业课要求跟踪本学科前沿，强调新概念、新思想、新方法。专题课为优秀教授利用国家级、省部级重点实验室等优质资源结合本人研究成果开设的学科前沿讲座。
深圳校区鼓励任课教师采用英文授课，学生用英文完成作业、考试及实验报告，教材多为英文原版教材，每门课注明必读的参考书目。每位学生需在导师指导下完成个人培养方案制定。
专业类设置充分体现科学性、前瞻性，重视创新性人才的培养，两类方案的侧重点和具体要求不同。学分和培养过程符合校本部统一规定，但课程设置上体现校区特色。强调通识人文和专业课程的有机结合，使学生在科学基础、人文素养、专业素质和能力等方面同步提升，全面发展。
计算机科学与技术学院专业设置电子与信息工程学院专业设置机电工程与自动化学院专业设置土木与环境工程学院专业设置材料科学与工程学院专业设置建筑与规划学院专业设置经济管理学院专业设置理学院专业设置人文与社会科学学院专业设置学院名称全日制工程硕士学科代码学科名称专业代码专业领域名称计算机科学与技术0812计算机科学与技术085211计算机技术 *电子与信息工程0810信息与通信工程085208电子与通信工程 *080901物理电子学085202光学工程080903微电子学与固体电子学085209集成电路工程机电工程与自动化080202机械电子工程085201机械工程 *0808电气工程085207电气工程 *0811控制科学与工程085210控制工程 *0807动力工程及工程热物理085206动力工程土木与环境工程0830环境科学与工程085229环境工程 *0814土木工程085213建筑与土木工程081403市政工程材料科学与工程080501材料物理与化学085204材料工程 *080502材料学080503材料加工工程建筑与规划0813建筑学0953/0851风景园林/建筑学 0833城乡规划学0853城市规划硕士0823交通运输工程085222交通运输工程经济管理0202应用经济学085239项目管理
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”表示仅有非全日制学生。硕士生分类培养硕士生按学术型和应用型两类进行分类培养，专业学位硕士生均按应用型培养，常规硕士生一般按学术型，个别学生可根据需要调整为应用型。