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拿我自己的论文做个例子，我传到onedrive和ResearchGate上自己开源了（学校开源竟然要掏90刀 = =）（26M，没wifi的就别点了）OneDrive: Chuyang Cheng_PhD Thesis_Merged_Final VersionResearchGate: Design and Construction of Artificial Molecular Pumps (PDF Download Available)

我的博士毕业论文题目是”设计和构造人工分子泵“，一共分为六个章节，分别对应六篇期刊论文。第一章是一篇综述，对应的期刊论文是ChemPhyChem的一篇MiniReview（Wholly Synthetic Molecular Machines），介绍了分子机器这个研究领域的历史发展，一些基本知识，面临的问题，近期的研究动向和热点，以及未来的挑战等等。第二章到第五章都是原创的研究结果。第二章对应JACS的一篇Article（Relative Unidirectional Translation in an Artificial Molecular Assembly Fueled by Light），这篇文章我是第二作者，第一作者是我师兄，当时师兄毕业了，我接手过来，在做的过程中获得了灵感设计了后续的工作。这个章节中描述的研究结果是我第一次尝试设计和构建人工分子泵，相当于原型机，姑且叫Mark 0吧。从结果中我发现了一些问题在当前的体系（给受体donor-acceptor系统）下难以解决，于是决定换一个新的体系（自由基radical体系）设计Mark I。第三章对应JACS的一篇Article（Influence of Constitution and Charge on Radical Pairing Interactions in Trisradical Tricationic Complexes）。这一章里我系统的研究了新的体系，设计了多达18个不同的分子来观察结构对他们物理化学性质的影响，这一章的结果对后面分子泵的设计提供了不少有用信息。第四章对应JACS的一篇Communication（Energetically Demanding Transport in a Supramolecular Assembly），这个章节里我把第三章里研究的新体系引入了分子泵Mark I的设计，证明了用新体系可以实现主动运输（active transport）。第五章对应Nature Nanotechnology的一篇Article（nature.com 的页面），是整篇博士论文的核心。这个章节里我把前面第二到四章的结果和经验总结起来，经过多次尝试，设计出了一个能连续运转两个循环将溶液中的环番分子主动运输到高能位置的人工分子泵Mark II，呼应了博士论文题目”设计和构造人工分子泵“。第六章是个总结，对应ACS Nano的一篇Review（http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acsnano.5b03809），总结前面的工作，提出新的挑战。

各个章节之间有逻辑关系并都为论文题目服务。相关度不大的期刊论文就没有收录进去。PS. 我当年QE给评审老师开了三个脑洞，我的整篇毕业论文只把第一个脑洞做了一半，深深感到自己给自己挖了个巨大的坑。。。

============再割一下=============

由于六个章节分别对应六篇期刊文章，所以我的博士论文写作其实并没有额外花太多时间。只需要把写好的期刊论文拿来改变一些语句（比如期刊中的”我们怎么怎么样“都要改成”我怎样怎样“），调整部分内容的顺序（SI的一些内容挪到正文里），按毕业论文格式排版（这个花的时间最多 = =）。要是国内博士的话就得重写成中文了，估计要花不少时间呢。

好久都没在知乎上码这么多字了。。。