朱教君长期从事防护林生态和林业生态工程研究。面向国家重大生态工程建设的需求，瞄准如何实现防护林功能高效、稳定、可持续等前沿科技问题，以全球最大的生态工程——三北防护林工程（三北工程）为主体，创新了防护林培育-建造-评估理论与技术体系。首创一期二龄三阶段的培育理论和定向经营技术，填补了生态功能导向的防护林培育理论空白；率先提出基于全量水资源-系统协调性的建造理念和格局优化技术，突破了工程规划设计技术瓶颈；构建天-空-塔-地一体化评估体系和以评促建的工程建设方案，攻克长周期、跨尺度、多要素工程评估难题，为三北工程总体规划修编提供核心技术依托。以第一完成人获国家科技进步二等奖2项、省部级一等奖4项，获国际林联科学成就奖、TWNSO 农业集体奖等；出版《防护林生态学》（入选研究生教材）等专著6部；第一或通讯作者在《Nature Climate Change》等期刊发表论文320篇（SCI 122篇），国家采纳咨询建议10份，形成国家法律法规、行业标准与方案。建成国家级野外站等科研平台3个。受国家林草局委托，对三北工程建设40年进行评估，形成“综合评估报告”，修编“工程至2050 总体规划”，在国新办举行发布会。主持杰青、重大基金、973计划、国家重点研发计划等项目。通过科学理论与技术创新，指导林业生态工程建设实践，推动了应用生态学学科发展，为国家生态安全屏障建设提供重要科学支撑。