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空军军医大学基础医学院是学校基础医学和公共基础专业教学科研，生长干部和轮训学员教育管理主责单位。下辖23个单位：其中包括17个教研室6个学员大队。学院机关设教学科研处和政治工作处。学院现有基础医学和生物学两个一级学科，为国家首批博士、硕士学位授权学科，设博士后流动站。有9个二级学科，其中包括6个国家重点学科。拥有1个国家分子医学转化中心，1个国家教学示范中心。形成了以神经科学、系统医学生物学、分子医学以及免疫与抗感染为主的4大优势学科群。

学院现有中国科学院院士1人，中国工程院院士1人，三级以上教授4人。3人获得国家杰出青年基金，4人为长江学者特聘教授。5人在国际和国家级学术团体担任副主委以上学术职务，2人获“何梁何利”奖，2人获“求是工程”奖。21人次入选军队级高层次人才。现有教育部创新团队2个，军队科技创新群体1个，陕西省重点科技创新团队2个。973首席科学家2人次。国家级教学团队1个，原总后优秀教学团队2个，陕西省优秀教学团队3个。国家精品课程2门，国家精品资源共享课1门，国家精品视频公开课1门。军队育才奖金奖获得者10人，银奖获得者50人。现有研究生导师99名，其中博士生导师40名。