加州大学圣地亚哥分校计算机科学与工程系研究生开设有以下四种学位项目，分别是：计算机科学理学硕士（MS in Computer Science）计算机科学博士（PhD in Computer Science）计算机工程理学硕士（MS in Computer Engineering）计算机工程博士（PhD in Computer Engineering）

该系要求申请者本科毕业，拥有计算机科学、计算机工程、电气工程、数学或其它专业背景。非相关专业背景者需完成特定前置课程要求，如：基础编程、离散数学、数据结构与算法、硬件与架构、系统与软件、计算机理论等。据往年统计，该系录取率不到10%。该系第一年为所有PhD学生提供全额奖学金，其形式主要为RA，MS学生被录取之后，也可以申请TA奖学金。