◆得率低或者得不到DNA·Buffer W2中没有加入乙醇Buffer W2在使用之前必需加入100%或者95%的乙醇。·不合适的洗脱液DNA只能在低盐和pH7.0的条件下有效的洗脱。应使用试剂盒提供的洗脱液或者用水（pH7.0）洗脱。在65℃下预热洗脱液可以提高洗脱效率。·洗脱液体积不够或者没有浸润膜洗脱液应加在制备膜的中央以确保其均匀的浸润整个膜。·采用不合适的负压装置确保负压保持在 -25至-30英尺汞柱。◆DNA不能很好地用于下游实验·洗脱时盐浓度过高 确保在洗脱之前盐分都被洗涤去除。正确使用Buffer W1，避免在管体上残留。·样品上样电泳时样品跑出胶孔洗脱液中残留有乙醇（样品会飘在琼脂糖凝胶孔中）仔细的操作说明书中的所有步骤以去除残留的乙醇。·洗脱液中含有引物二聚体引物二聚体会影响后续的反应，如测序。任何大于40bp的引物二聚体都将不会被完全去除。结合完后，用750ul盐酸胍（35g盐酸胍溶于100ml去离子水）洗涤UE PCR清洁制备管或者制备板，然后再接着进行说明书中所述的洗涤洗脱步骤。·洗脱液中含有变性的单链DNA，这在凝胶电泳中可见一条又小又淡又糊的条带洗脱后，将洗脱液在95℃中温浴2min。在使用前冷却至室温。95℃温浴2min后也可以在洗脱液中加入10 mM NaCl以促进复性。