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石河子大学药学院成立于2001年4月，其前身为医学院药学系，渊源追溯到1953年的新疆军区卫生学校药学教研室，是新疆第一所药学专业教育基地。学院秉承“笃学创新、精药济世”院训，形成重基础、强实践的育人模式。

学院拥有药学、中药学、制药工程、临床药学4个本科专业，面向全国31个省区招生。其中药学、中药学专业为国家一流本科专业建设点。药学为自治区重点学科、兵团特色学科。学院拥有药学一级学科硕士点、药学硕士专业学位授权点。学院拥有国家一流课程2门，国家精品课程2门，“学堂在线”平台课程2门，自治区精品课程1门。获国家发明专利授权60余项，省部级科技进步奖10余项。学院拥有省级教学能手、校级教学名师。教师多次在全国教学创新大赛、青年教师教学竞赛、教学信息化大赛等教学竞赛中获奖。学生多次在全国“互联网+”“药苑论坛”等学科竞赛中获奖。学院获批全国民族药科普基地。

学院拥有教育部重点实验室1个、校级教学实验中心1个，西域传统医药展览馆1个，有标准化实验室74间，校外实习基地25个，产学研联合培养研究生基地13家，实验面积8000平方米，设备经费总投资8232万元。

学院现有教职工72人，教授15人，专任教师中博士学位占比70%，高级职称占比80%。现有教育部“CJ学者”特聘教授2人、国家“四青人才”2人，国务院特殊津贴专家2人，“天池英才”特聘专家（国家杰青）1人，青年“岐黄学者”“天池领军”人才在内的省部级人才28人次。