参考解析：

第一步，本题考查最值问题。第二步，全班总分为90×40＝3600分，设最多有x人不到90分，若要使不到90分的人最多，则不到90分的人得分均为89分、除满分者外超过90分的人得分均为99分，列方程：100＋99×（39－x）＋89x＝3600，解得：x＝36.1（人），问题问最多，则向下取整，该班最多有36人得分不到90分。因此，选择B选项。