清华经管学院博士项目招收具有学术研究潜质的优秀学生，直博生基本修业年限4至5年，仅招收脱产攻读的博士研究生，考生按专业方向报考，入学通过博士生资格考试后，经双向选择确定导师。

清华经管学院充分利用多学科优势，力争培养经济类和管理类的顶尖学术研究人才，特别是国内外重点高校教师。从2009年开始，清华经管学院推进了多项博士生培养环节的改革，以提高博士生培养的质量，培养模式已经与世界一流大学的经济学和管理学博士培养模式全面接轨。