医学院药学系成立于2015年5月，现有教职工19人，其中博士 13人，教授2人，副教授 9人。药学系主要承担药学专业理论及实验教学工作，并肩负药学课程教学改革、科学研究以及青年教师培养等任务。目前开设的主要课程有药理学、药物化学、天然药物化学、药物分析、药剂学等10余门专业课程及无机化学、分析化学、有机化学、仪器分析等10余门专业基础课程；并建有药剂学、药物分析、药理学、药物化学、天然药物化学、生药学、生物药剂学与药物动力学等实验实训室。药学系已为社会培养各级药学类人才1200余人，并分别进入高等院校、知名药企、科研院所及医疗机构工作和深造。近三年来，药学专业考研率逐年提升，2022年考研录取率达45.2%。

药学学科为学校重点建设学科，拥有生物与医药专业学位硕士点。药学系目前承担各类科研项目、教改项目共计30余项，其中国家级4项，省部级12项，市厅级20余项，累计科研经费200余万元，教师共发表SCI、核心期刊等学术论文50余篇；授权国家发明专利10余项；参编教材10余部。