学校自1979年开始招收培养研究生，1981年被国务院学位委员会批准为全国首批硕士学位授权单位，1998年被国务院学位委员会批准为博士学位授权单位，2000年开始临床医学硕士专业学位工作，2004年开始口腔医学硕士专业学位工作，2006年获教育部批准具有推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士学位研究生工作资格，2009年被国务院学位委员会批准为公共卫生硕士（MPH）培养单位，2011年获临床医学一级学科博士学位授权，2014年获应用心理、药学和护理硕士专业学位授权，2018年获基础医学和药学一级学科博士学位授权、临床医学博士专业学位授权、医学技术一级学科硕士学位授权。2021年获口腔医学、公共卫生与预防医学一级学科博士学位授权、口腔医学博士专业学位授权和生物学一级学科硕士学位授权。目前，我校有5个一级学科博士学位授权点，8个一级学科硕士学位授权点，2个博士专业学位授权点，6个硕士专业学位授权点。现有研究生二级培养单位30个，硕士研究生导师1500余名，博士研究生导师270余名。

学校研究生招生已在全日制博士研究生、硕士研究生、港澳台及留学研究生形成较完整体系。研究生招生规模达1900人左右，生源遍布全国32个省、自治区、直辖市及香港、澳门特别行政区。留学研究生来自20余个国家，已成为南亚东南亚国家学生来华学习医学的主要目标院校。