南开大学日本研究院是现今全国高等院校中唯一的院级综合日本研究和高层次人才培养实体机构，被称为中国日本研究的重镇。日本研究院是在1964年吴廷璆先生创建的历史系日本史研究室、1988年成立的日本研究中心的基础上发展起来的。研究院现有专职研究人员14人。其中教授6人、副教授6人、讲师2人，全员具有博士学位。另有图书资料和管理人员5人。研究院采取以专职研究人员为主、以校内外兼职研究人员为辅，两者有机结合的科研及教学体制。行政上为直属学校的中层科研机构。现任院长刘岳兵教授。

日本研究院由日本历史文化、日本经济、日本政治及对外关系三个研究部，以及《南开日本研究》编辑部、办公室、资料室组成。

历史文化研究部（部长赵德宇）有9名研究人员，主要从事日本通史、断代史以及专门史的研究和教学，是日本研究院中历史最为悠久和实力最强的学科。1994年吴廷璆先生主持的百万字《日本史》，被学界公认为新中国成立以来最高水平的日本史通史著作，推出20年长盛不衰，至今仍不断再版出版，俞辛焞、米庆余教授的日本外交史研究、王家骅教授的日本儒学研究，武安隆教授的日