斯坦福大学管理科学与工程系研究生阶段开设有以下学位项目，分别是：

管理科学与工程硕士：斯坦福大学管理科学与工程硕士注重发展学生的分析能力、决策能力、领导力与创新能力。通过斯坦福大学管理科学与工程硕士的学习，毕业生将精通数学，工程与行为科学。他们能通过反复实验设计更优系统，组织与工作进程；从分析数据，数学与计算建模着手解决现实问题；他们知道如何检验不明确假设并发现根本原因；同时能够在团队中高效沟通。斯坦福大学管理科学与工程硕士有如下几个研究领域：财务分析；运营与分析；科技与工程管理；计算社会科学；决策分析与风险分析；能源与环境；健康系统建模。

管理科学与工程博士：斯坦福大学管理科学与工程系博士项目面向有意从事研究教育，或大学、行业、政府等高层次技术工作的研究者，尤其是曾多次获得奖学金并能进行独立研究的学生，旨在通过课程作业与指导性研究，引导其在相关领域创造价值。斯坦福大学管理科学与工程系博士项目培养学生在该领域的知识面，同时也帮助学生在某一研究领域深入学习。