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AnimalTFDB 3.0

转录因子(Transcription factor,TF)是一类能够以序列特异性方式结合DNA并对基因转录起关键调控作用的蛋白质,在各种生物过程和疾病发生中起非常关键的作用。鉴定、分类和注释转录因子以及分析转录因子的调控和功能等一直是研究的热点和基础,它们在生物体内形成一套指导基因表达的复杂系统引得众多科学家浓厚的研究兴趣。

为了揭开TF在生物体内调节机制的神秘面纱,科学家们探索了许多实验方法(如CHIP-seq)和预测工具(如seq logo,Jaspar数据库等),具体可以参见历史推文:

R语言 - 绘制seq logo图Seq logo 在线绘制工具——Weblogo一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点2018 升级版Motif数据库Jaspar

下面介绍由华中科技大学生命科学与技术学院郭安源教授团队开发的动物转录因子注释和预测数据库(AnimalTFDB)。

AnimalTFDB数据库建设工作于2011年11月完成了第一版,至今持续维护和更新了7年,三个版本的文章分别都发表在牛津大学出版社(Oxford University Press)出版物《核酸研究》(Nucleic Acids Research)(2017年影响因子11.56),最新的3.0版

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